Nach seiner intensiven Ausbildung in der Universitätsklinik Essen in der Klinik für Urologie als Teil des Comprehensive Cancer Centers Essen wo Niklas Pelzer unter anderem im Rahmen Zytologischer Forschung des Urothelkarzinomes involviert war, wechselte er im Januar 2013 in die Klinik für Urologie am Luzerner Kantonsspital. Hier etablierte und betreute er das Uroonkologische Tumorzentrum als Koordinator sowie das Prostatazentrum Luzern und führte die MRI- Ultraschallgestützte Fusionsbiopsie im Rahmen der Prostatadiagnostik ein. Niklas Pelzer ist ausserdem Auditor für die Zertifizierung von Prostatazentren innerhalb Europas. Neben der uroonkologischen Expertise behandelt er Patientinnen und Patienten auf dem gesamten Gebiet der Urologie sowie in Kooperation mit dem Luzerner Kantonsspital, Klinik für Urologie in der hochspezialisierten urologischen Medizin.